Modellen ansiktslyftes 1999 för att bättre anknyta till Peugeots övriga modellflora. Samtidigt förbättrades inredningen med, bland annat nya stolar, och mer säkerhetsutrustning. Sedanmodellen fick ny front och akter, kombin erhöll bara modifieringarna i fronten och coupévarianten behölls intakt. Den sistnämnda fick dock en egen uppdatering 2003. Peugeot 406 överlevde som modellserie till 2004, då den ersattes av 407-modellen. Modellen var mycket framgångsrik över hela Europa; inte minst i Skandinavien. Till stor del berodde detta på låga priser, god utrustning, många motoralternativ och en rymlig kaross. I exempelvis Danmark var den länge den mest sålda bilmodellen. Totalt tillverkades omkring 1,5 miljoner 406.